在申请补办就业登记时，可以填写以下原因：

未及时办理：

由于当时对就业登记的重要性认识不足，或者因为事务繁忙等原因，未能及时办理就业登记手续。

遗失：

原就业登记证明不慎遗失，需要重新申请并补办就业登记证明。

人事变动：

在与某单位签订就业协议后，由于人事变动等原因，未能及时办理就业登记手续。

合同签订：

与某公司签订劳动合同后，未及时办理就业登记手续。

自主创业：

在自主创业并成立公司后，由于事务繁忙，未能及时办理就业登记手续。

建议根据个人实际情况选择合适的原因，并确保所有相关证明材料准备齐全，以便顺利办理补办手续。