旗山校区入驻的大专院校包括：

1. 福建华南女子职业学院

2. 福建师范大学

3. 福州大学

4. 福建医科大学

5. 福建中医药大学

6. 闽江学院

7. 福建工程学院

8. 闽江师范高等专科学校

9. 福建师范大学协和学院

10. 福州职业技术学院

11. 福建农林大学旗山校区

12. 福建理工大学（原名福建工程学院）

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