灵活就业社保存在以下缺点：

经济负担重：

灵活就业人员需要自己承担全部社保费用，随着社保缴费基数的逐年上升，这一负担变得越来越沉重。例如，在北京，最低缴费基数从2020年的3613元增长至2024年的6821元，短短四年内增长超过45%。

缴费年限不足：

灵活就业人员必须按规定交钱领钱，如果想享受终身的医保待遇，要交满至少20年（不同城市政策不一样），而领取养老金也需要交满20年。在达到退休年龄之前，这笔钱不能动。

保障不全面：

与享有完整五险一金的在职员工相比，灵活就业者通常只能享受医疗和养老保险，工伤、失业、生育等风险都需要自己承担。例如，一个灵活就业的外卖员在工作中受伤，由于没有工伤保险，他需要自己承担高昂的医疗费用。

未来不确定性：

由于收入不稳定，灵活就业人员很难保证每月都能按时缴纳社保，这可能会影响他们的缴费年限，进而影响未来养老金的领取。此外，社保的未来变得扑朔迷离，延迟退休的政策也让灵活就业者对未来充满了不确定性。

性价比考量：

对于灵活就业人员来说，社保的性价比也是一个不得不考虑的问题。他们缴纳的社保费用并不低，但退休后能领取的养老金却往往令人失望。尤其是在一些大城市，即使按最低标准缴费，一个月也要一两千块，但退休后每月能领到的养老金却可能只有这个数目的一半甚至更少。

参保类型少：

灵活就业者通常只能参加养老保险和医疗保险，无法参加其他的保险，如失业保险、工伤保险和生育保险。

户籍限制：

灵活就业养老保险只能是本地户籍才可以缴纳，如果是外地户籍则无法缴纳。

缴费基数上涨：

虽然缴费基数是灵活的，但每年都会有所上涨，这会增加灵活就业人员的负担。

综上所述，灵活就业社保的主要缺点在于经济负担重、保障不全面、未来不确定性高、性价比低、参保类型少、户籍限制以及缴费基数上涨等方面。建议灵活就业人员在选择是否缴纳社保时，要综合考虑自身的经济状况和未来的保障需求，做出明智的决策。