截至2025年，新疆药学大专院校的排名如下：

喀什职业技术学院

昌吉职业技术学院

新疆现代职业技术学院

新疆医科大学

新疆第二医学院

建议：

喀什职业技术学院、 昌吉职业技术学院和 新疆现代职业技术学院在药学专业的排名中位列前三，是新疆地区药学教育的重要机构，建议优先考虑。

新疆医科大学和 新疆第二医学院作为新疆地区医药类大学的领军机构，拥有较高的教学水平和研究实力，也是值得考虑的选择。