交通运输部直属的专科学校有以下几所：

上海民航职业技术学院：

位于上海，隶属于中国民用航空局，是交通运输部直属的专科学校之一。

广州民航职业技术学院：

位于广州，同样隶属于中国民用航空局，也是交通运输部直属的专科学校。

建议：

如果你对民航领域感兴趣，这两所学校都是很好的选择，具体选择哪一所可以根据个人地理位置、专业兴趣和职业规划来决定。